从南门进。
第一进是大门,门上有三个大字:“湛山寺”。
第二进是天王殿,供奉弥勒菩萨。门厅东西两侧设有钟楼、鼓楼。

在天王殿周围,是第三进院落。佛寺的中心建筑大雄殿矗立在花岗岩平台上。大雄殿是寺院的正殿,供奉释迦牟尼,左右两侧是文殊菩萨和普贤菩萨。
穿过花园般的天井,进入第四进院落,赵朴初先生在三圣殿上题写的“海印遗风”匾额格外醒目。了解崂山海印寺僧道之争的历史,不难看出匾额上是为了纪念憨山大师所题。三圣殿供奉阿弥陀佛,左右各有观世音和大势至二菩萨。
第五进院建在寺院最北端,藏有数千部佛教经典。在菩提殿外,一座七级宝塔坐落在一座石山上。这座宝塔被命名为“药师琉璃光如来宝塔”。当人们登上宝塔时,可以欣赏岛上城市的山海风光。