1000目和5000目是两种不同的粒度标准，它们的主要区别在于筛网的孔径大小以及所适用的领域。

首先，目数是一种表示筛网孔径的单位，常用于描述研磨材料的粒度。目数越高，表示筛网的孔径越小，能够通过的颗粒越细。1000目意味着筛网的孔径非常小，只有小于1000微米的颗粒才能通过。而5000目的筛网孔径则更小，只有小于5000微米的颗粒才能通过。

其次，在应用领域上，1000目的研磨材料通常用于精密研磨和抛光处理，如光学玻璃、宝石等需要高度平滑表面的产品。而5000目的砂纸则更为精细，主要用于一些精密仪器或者玉石等的打磨抛光。由于其粒度极细，甚至比手指指纹还要精细，因此非常适合用于打磨精致的玉器。

综上所述，1000目和5000目在筛网孔径大小和应用领域上存在明显的区别。选择何种目数的研磨材料或砂纸，主要取决于具体的加工需求和产品要求。