背滤缸细菌屋的最佳摆放位置应该是在滤桶底部，最靠近出水口的位置。这是因为细菌屋需要至少15～20分钟的接触时间才能进行分解去除水中有机物质，摆放在底部可以确保水能够充分通过细菌屋，提高过滤效果。

此外，还要避免将细菌屋摆放在过渡流速或强烈水流的区域，会使细菌居住的环境不稳定，影响过滤效率。摆放时要注意良好的通风和灯光条件，避免受到阳光的直射。