双墩遗址的挖掘工作主要分为两个阶段。首次发掘始于1986年，并持续至1992年，期间共发掘了375平方米，主要位于遗址东南的一条凹沟内。

之后的二次发掘则是在2014年9月19日启动的，由中国社科院考古所与安徽省文物考古研究所合作开展，属于补充发掘。这次发掘进一步丰富了我们对双墩遗址的了解。因此，可以说双墩遗址的挖掘工作始于1986年并持续至今。