《花间令》中的灭门案是一起极为复杂且引人入胜的案件，凶手身份的揭晓过程充满了悬念和反转。在这部作品中，灭门案的凶手并非单一个体，而是涉及到多个角色和势力之间的错综复杂关系。

首先，让我们回顾一下案件的背景。杨采薇一家因涉及到禾阳一规模巨大的反叛组织而被陷害，全家在流放途中被杀。这起灭门案的背后，隐藏着巨大的政治阴谋和权力斗争。多个势力都可能与这起案件有关，包括反叛组织、朝廷内的权臣以及地方上的恶势力等。

在剧情的发展过程中，潘樾和杨采薇为了揭开真相，勇斗恶势力“四大宗族”，并查明了桩桩旧案。在这个过程中，他们逐渐发现了灭门案背后的真相。原来，凶手并非单一的个人，而是由多个势力共同策划和实施的。这些势力之间互相勾结，利用杨采薇一家的遭遇来达到自己的目的。

具体来说，水波纹组织是其中一股重要的势力。他们在潘樾与杨采薇大婚之日杀死了杨采薇，并制造了新娘跳楼的假象。此外，银雨楼的陈香主也被揭露为灭门案的参与者之一。他利用夏钟草投毒，导致李家众人五脏俱焚，最终选择自杀。陈香主还伪装现场成鬼魂索命，企图掩盖真相。

然而，幕后之人并不止于此。在剧情的高潮部分，还有更大的反派出现，他们为了掩盖自己的罪行，再次设局，试图将潘樾和杨采薇推向万劫不复之地。这些幕后之人的身份和动机，是剧情中最为引人入胜的部分之一。

综上所述，《花间令》中的灭门案是一起由多个势力共同策划和实施的复杂案件。凶手身份的揭晓过程充满了悬念和反转，使得观众在追剧的过程中不断猜测和推理。这也正是该剧能够吸引大量观众的重要原因之一。