北京元气森林科技有限公司持股57.81%为元气森林第一大股东，共青城元燃投资合伙企业和北京虎悦创业投资中心为公司第二大股东和第三大股东，分别持股20.89%和10.04%。此外，公司旗下拥有厦门元气森林饮料、滁州外星人饮料、北海牧场（北京）乳品等9家子公司。