制作糯米酒的酒曲有很多种，主要分为黄曲、红曲、白曲、黑曲等。其中，以红曲和黄曲最被广泛使用。

红曲是将糯米、大米等杂交谷物加工后与红曲菌发酵，可以使糯米酒具有含有丰富的酵素及维他命等益生嘌呤。不过红曲因为含有食品添加剂，如果过多食用可能会产生对肝脏的负面影响。

黄曲是将糯米、大米、小麦等杂交谷物加工后与黄曲菌发酵，黄曲菌含有多种氨基酸及维生素，可以帮助增强人体免疫力和抗衰老。此外，黄曲制作的糯米酒口感更加柔和、香醇。