羊城通扣费方式的设置可以通过相关应用或小程序来完成。用户首先需要打开对应的APP或微信小程序，如支付宝或微信中的羊城通乘车码。

接着，进入羊城通的相关页面，按照页面提示进行绑定操作，输入羊城通卡号及密码。

绑定成功后，用户可以在支付方式选择列表中选择自己希望的扣费方式，比如支付宝余额支付或微信零钱支付。

设置完成后，羊城通的扣费方式就会按照用户所选的方式进行扣费。具体操作可能因应用版本或系统更新而略有不同，建议用户根据应用或小程序内的指引进行操作。