注册运输公司的好处是可以获得运输合法化的资格，增加公司信誉度，提高在市场上的竞争力。

此外，注册公司还有税收优惠和依法合规的保障。

坏处是注册公司需要一定的资金和时间成本，以及需要满足一定的标准和条件。

同时，也面临着税务和监管等方面的压力和责任。

总的来说，注册公司需要考虑到各种因素，综合评估自身情况，做出哪种决策更为合适。