医保住院报销流程为所有参保人，报销流程为：参保农民在定点机构门诊治疗时持新农合证明，定点医疗机构根据参保人提供的医保待遇直接减免医疗费用。新增农村合作医疗户籍户籍存在金额，超额部分由参保农民自行支付。定点医疗机构应当及时与农业医疗机构结算。

参合农民在市、县、乡定点医疗机构住院治疗的，定点医疗机构直接给予补偿。发生的医疗费用由定点医疗机构审核，并按照《实施办法》规定的标准垫付补助金额。

凡在省级定点医疗机构和非定点医疗机构住院的参合农民，由乡镇农业医疗机构给予补偿。一次住院医疗费用低于2000元(含2000元)的，由乡(镇)农业医院报销。2000元以上或对住院资料有疑问的，经乡(镇)农业医院审核，报县农业医疗局审批后报销。

申领补偿时，需带身份证、户口本、《新农合证》(此三证原件审核后复印存底)医疗机构的有效住院发票、出院小结(或病历)、费用清单和转诊证明。

患门诊大病(慢性病)的参合农民在规定时间(一般在每年7月和12月份)，需带身份证、户口本、《新农合证》、门诊发票及清单、门诊病历、检查报告、二级甲等以上医院或专科医院的门诊大病(慢性病)证明到乡(镇)农医所办理。