是的，重庆单亲妈妈可以办理新生儿医保卡。根据重庆市医疗保障局的规定，新生儿出生后3个月内，父母可以为其办理居民医保参保登记和缴费手续。如果母亲是单亲家庭，也可以单独为孩子办理医保卡。具体办理流程如下：

1. 准备材料：需要提供母亲的身份证、户口簿、结婚证（如有）、孩子的出生医学证明等相关证件。

2. 前往当地社区卫生服务中心或社保经办机构办理：携带好准备好的材料，前往当地的社区卫生服务中心或社保经办机构进行办理。工作人员会核对材料并填写相关表格。

3. 缴纳医保费用：根据当地规定，缴纳相应的医保费用。费用标准可能会因地区而异，建议咨询当地社保经办机构了解具体情况。

4. 领取医保卡：完成缴费后，等待一段时间即可领取新生儿的医保卡。医保卡一般由当地社保经办机构发放，具体领取方式可咨询当地社保经办机构。

需要注意的是，不同地区的具体办理流程和所需材料可能会有所不同，建议在办理前先咨询当地社保经办机构或社区卫生服务中心了解详细信息。