加工贸易手册和加工贸易账册有明显的不同。

加工贸易手册是以指导企业做好加工贸易为主要目的，由海关总署开具，授权企业享受加工贸易管理政策的一种许可证。

而加工贸易账册则是规范企业加工贸易管理和监督企业自主申报、自主录入和核销的一种账簿记录方式。

加工贸易手册主要负责授权企业使用加工贸易税收优惠政策，降低企业成本，促进企业发展；而加工贸易账册则是企业在加工贸易过程中必备的文件，记录了企业加工贸易的情况，保障了进出口企业的合法性。

总之，加工贸易手册和加工贸易账册虽然都与加工贸易有关，但是其主要功能和使用范围是不同的。