如果员工在单位工作期间感染了细菌，单位需要负责提供必要的医疗救治和保障员工的健康安全。此外，单位也应该采取措施预防细菌感染的发生，例如加强卫生管理、提供必要的防护设备等。

如果单位没有采取必要的预防措施，导致员工感染细菌，那么单位可能需要承担相应的法律责任。