醋酸杆菌是一种革兰氏阴性、非芽孢杆菌，它的主要特点在于其微生物结构。醋酸杆菌的细胞形态呈细长的杆状，大小约为0.5-0.8微米宽、5-10微米长，有一根极性鞭毛，可以游动。

它的细胞壁较薄，包括了唯一的膜（plasma membrane）和外面的蔗糖胶原，这是其所需要的氧化的醋酸的基因座的关键特征。

细胞内还含有大量的纤维素，这些组成了菌体外壳，有利于生长附着于固体表面。醋酸杆菌对于制酢带来了重要的影响，也对于其他工业应用具有重要意义。